En la Sentencia T-009 de 2025, la Corte Constitucional estudió el caso de un trabajador con cáncer al que la EPS y AFP (Administradora de Fondo de Pensiones) dejaron de pagar oportunamente varias incapacidades. La Corte concluyó que esas omisiones afectaron su mínimo vital y su seguridad social: mientras una persona no puede trabajar por orden médica, la incapacidad sustituye el ingreso que normalmente sostiene su vida y la de su familia.
Si a usted no le están pagando, no empiece reclamando a todas las entidades. Primero responda dos preguntas: ¿la incapacidad es de origen común o laboral? y ¿Cuántos días acumulados lleva? Esas respuestas suelen indicar quién debe pagar y qué ruta seguir.
Resumen rápido: qué revisar si no le pagan la incapacidad
- Origen común: días 1–2, empleador; 3–180, EPS; 181–540, AFP, por regla general.
- Día 541 en adelante: paga la EPS cuando se configure alguno de los supuestos del artículo 2.2.3.6.1 del Decreto 780 de 2016.
- Origen laboral: interviene la ARL bajo el régimen de riesgos laborales.
- EPS: con la solicitud correctamente presentada, dispone de 15 días hábiles para revisar y liquidar + 5 días hábiles para pagar lo autorizado.
- Tutela: puede proceder excepcionalmente si el impago compromete realmente el mínimo vital, la salud, la dignidad o la seguridad social y la vía ordinaria no protege a tiempo.
AFP (Administradora de Fondo de Pensiones)
ARL (Administradora de Riesgos Laborales)
EPS (Entidad Promotora de Salud)
La AFP es la entidad que administra pensiones y que, por regla general, asume el pago de incapacidades de origen común entre los días 181 y 540. La ARL interviene cuando la incapacidad tiene origen laboral, por ejemplo, un accidente ocurrido trabajando o una enfermedad causada por el trabajo. En esos casos no se aplica automáticamente la ruta EPS–AFP
¿Quién paga una incapacidad de origen común?
La respuesta depende principalmente de los días acumulados. La Sentencia T-072 de 2026 confirmó la regla vigente: días 1 y 2, empleador; 3 a 180, EPS; y 181 a 540, AFP (Administradora de Fondo de Pensiones), incluso cuando el concepto de rehabilitación sea favorable o desfavorable, salvo excepciones por incumplimientos de la EPS.
Quién responde según los días
- 1–2 DÍAS → EMPLEADOR
- 3–180 DÍAS → EPS
- 181–540 DÍAS → AFP
- 541 DÍAS EN ADELANTE → EPS, cuando se cumplan los supuestos legales.
- ORIGEN LABORAL → ARL
Día 541+ → EPS, si:
continúa en rehabilitación, no se ha recuperado pese al tratamiento, u otras enfermedades prolongan la recuperación.
La Sentencia T-072 de 2026 reiteró exactamente esos tres escenarios
Esta es la regla general. El origen, la continuidad de las incapacidades y el concepto de rehabilitación pueden modificar el análisis.
Ejemplo práctico — día 205: Laura lleva 205 días incapacitada por enfermedad común y la EPS remitió oportunamente el concepto de rehabilitación. Por regla general, desde el día 181 responde la AFP. Seguir reclamando únicamente a la EPS puede retrasar la solución.
¿Qué pasa si la EPS no envió el concepto de rehabilitación?
La EPS puede terminar asumiendo incapacidades posteriores al día 180 mientras mantenga su incumplimiento.
El artículo 142 del Decreto Ley 019 de 2012 exige emitir el concepto de rehabilitación antes del día 120 y remitirlo a la AFP antes del día 150. Si la EPS no lo hace, debe asumir el subsidio correspondiente después del día 180 hasta emitir el concepto.
La T-072 de 2026 también precisó que si el concepto es desfavorable, la AFP debe iniciar la calificación de pérdida de capacidad laboral y asumir el subsidio causado desde el día 181 hasta el dictamen, sin superar el día 540.
¿Qué pasa después del día 540?
Superar 540 días no significa quedarse automáticamente sin prestación.
El artículo 2.2.3.6.1 del Decreto 780 de 2016 ordena a la EPS reiniciar el pago desde el día 541 cuando exista concepto favorable que exija continuar tratamiento; cuando no haya recuperación pese a seguir los protocolos y recomendaciones médicas; o cuando enfermedades concomitantes prolonguen la recuperación.
¿Su empleador puede decirle “vaya a cobrarle a la EPS”?
Si es trabajador dependiente, el trámite de reconocimiento ante la EPS debe adelantarlo directamente el empleador.
Así lo establece el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012. Al trabajador le corresponde informar la incapacidad. La orientación oficial de LegalApp también explica que el empleador gestiona posteriormente el cobro frente a la entidad responsable.
Ejemplo práctico — 12 días: Andrés entrega a recursos humanos una incapacidad común por 12 días. La empresa no debería limitarse a decirle “vaya a cobrar a la EPS”. Andrés debe guardar prueba de la entrega y la empresa gestionar el reconocimiento correspondiente.
¿Cuánto tiempo tiene la EPS para pagar una incapacidad?
La EPS no dispone de un plazo indefinido: la regla es 15 días hábiles para revisar y liquidar y 5 días hábiles adicionales para pagar lo autorizado.
Así lo establece el artículo 2.2.3.4.3 del Decreto 780 de 2016, sustituido por el Decreto 2126 de 2023. Supersalud mantiene actualmente la misma orientación.
Esos términos no deben trasladarse automáticamente a AFP o ARL. Primero identifique quién responde por el período que está reclamando.
Si empleador, EPS y AFP empiezan a remitirse entre sí, no pierda el control de las fechas. Construya una línea de tiempo con inicio de la incapacidad, prórrogas, días acumulados, radicados, períodos pagados y respuestas. Sin esa trazabilidad será más difícil demostrar dónde ocurrió el incumplimiento.
¿Una incapacidad de médico particular puede ser reconocida?
Sí, pero debe presentarla para validación dentro de los 15 días siguientes a su expedición.
El artículo 2.2.3.3.3 del Decreto 780 de 2016, sustituido por el Decreto 2126 de 2023, permite validar certificados expedidos por médicos u odontólogos no adscritos a la red de la EPS cuando cumplen los requisitos y se acompañan de la epicrisis o resumen de atención correspondiente.
Si pasan 8 días hábiles sin que la EPS valide el certificado o someta al afiliado a evaluación médica, la regulación activa las reglas posteriores de reconocimiento, liquidación y pago si se cumplen las demás condiciones.
Ejemplo práctico — médico particular: Camila recibe 10 días de incapacidad en una clínica fuera de la red. Guardarla durante un mes puede complicar la validación. Debe gestionarla dentro de esos 15 días.
¿Y si soy trabajador independiente?
También puede existir derecho al reconocimiento económico, pero usted mismo debe adelantar el trámite ante la EPS.
El artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016 exige, entre otras condiciones, ser cotizante, haber cotizado efectivamente por lo menos las cuatro semanas inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad y contar con certificado válido o validado.
¿Una queja en Supersalud obliga a la EPS a pagar?
No. Una queja puede generar investigación o sanción, pero Supersalud no tiene facultad para ordenar directamente el pago de la incapacidad.
La propia Superintendencia aclara actualmente que las controversias económicas por prestaciones pueden requerir acudir al juez laboral. Para trabajadores independientes, indica que deben actuar directamente frente a EPS, Supersalud y, cuando corresponda, la jurisdicción laboral.
Por eso, presentar una queja y limitarse a esperar puede no resolver el problema económico inmediato.
¿Cuándo sí puede presentar tutela por una incapacidad no pagada?
La tutela tiene mayor fundamento cuando el no pago deja de ser solamente una deuda y compromete de forma concreta su subsistencia o derechos fundamentales.
La Corte Constitucional ha reiterado que el pago de incapacidades sustituye el salario y puede ser indispensable para proteger el mínimo vital, la salud y la seguridad social. En la sentencia T-009 de 2025, las entidades accionadas incumplieron pagos en distintos períodos y la Corte encontró vulnerados el mínimo vital y la seguridad social del trabajador.
Ejemplo práctico — mínimo vital: una trabajadora lleva dos meses sin recibir el ingreso correspondiente a sus incapacidades, no cuenta con otra fuente suficiente y acredita mora en arriendo, medicamentos y servicios básicos. Su situación constitucional es mucho más fuerte que simplemente afirmar: “la EPS me debe dinero”.
Antes de presentar tutela procure demostrar estas 5 cosas
- Incapacidad válida.
- Período exacto que continúa sin pagar.
- Entidad que debía asumirlo.
- Ausencia o insuficiencia de otros ingresos.
- Afectación concreta de alimentación, vivienda, medicamentos, servicios u otras necesidades básicas.
La existencia de una deuda no convierte automáticamente la tutela en el mecanismo adecuado.
¿Qué documentos debe reunir antes de actuar?
Reúna lo que permita reconstruir quién debía pagar y demostrar la afectación económica.
- Certificados y prórrogas de incapacidad.
- Histórico de días acumulados.
- Radicados y respuestas.
- Desprendimientos de nómina y extractos.
- Comunicaciones de EPS, AFP y empleador.
- Soportes de los gastos básicos afectados.
Si supera los 180 días, agregue el concepto de rehabilitación y la prueba de su envío a la AFP. Si el certificado fue expedido fuera de la red, conserve además la documentación entregada para su validación.
¿Qué puede pasar si no actúa correctamente?
Esperar sin hacer nada puede complicar su caso, aunque no significa que automáticamente pierda la tutela.
- Si su incapacidad fue expedida por un médico particular, tiene 15 días desde su expedición para presentarla a validación ante la EPS. Dejar pasar ese término puede complicar su reconocimiento.
- Si EPS, AFP y empleador se pasan la responsabilidad, cada semana sin radicados, respuestas y fechas hace más difícil demostrar quién incumplió.
- Si solo presenta quejas informales o llamadas, puede quedarse sin prueba clara de qué solicitó y cuándo lo hizo.
- Si su mínimo vital ya está afectado, seguir esperando puede aumentar mora en arriendo, servicios, alimentación, medicamentos o transporte mientras continúa incapacitado. La Corte ha reconocido precisamente este tipo de afectaciones como relevantes para la tutela.
- Si la vulneración dejó de ser actual y usted espera demasiado sin explicación, el juez puede analizar negativamente el requisito de inmediatez. Pero si el impago y la afectación continúan, el simple paso del tiempo no vuelve automáticamente improcedente la tutela
No confunda “actuar rápido” con presentar cualquier documento
Si todavía necesita saber quién debe pagar, qué períodos están pendientes o por qué negaron el reconocimiento, una reclamación escrita o derecho de petición puede ayudarle a obtener respuesta y dejar trazabilidad.
Si ya existe una falta de pago comprobable, identificó al responsable y el impago está comprometiendo realmente su mínimo vital, puede ser momento de evaluar la acción de tutela, sin presentar peticiones repetitivas que solo prolonguen la situación.
TutelasYPeticiones.com le permite organizar rápidamente los hechos, fechas, entidades y pruebas para generar el documento correspondiente. Eso reduce el tiempo de preparación del escrito, pero no garantiza que la tutela proceda ni que el juez ordene el pago.
Si ya identifica qué período está impagado, quién debía asumirlo y cómo está afectando su mínimo vital, puede utilizar esa información para generar una acción de tutela por no pago de incapacidades.
Preguntas frecuentes
¿Tengo que esperar 180 días para presentar tutela?
No. Los 180 días ayudan a determinar quién paga; no constituyen un tiempo mínimo obligatorio para acudir a tutela.
¿Por qué me pagaron menos que mi salario habitual?
Porque una incapacidad común es una prestación económica y no necesariamente equivale al 100 % de sus ingresos habituales. Antes de concluir que existe un faltante, revise el ingreso base y el período liquidado. Las dudas sobre el porcentaje son frecuentes precisamente porque el subsidio y el salario ordinario no son idénticos.
¿Qué pasa si fue un accidente o enfermedad laboral?
No aplique automáticamente la ruta EPS/AFP. El artículo 3 de la Ley 776 de 2002 regula la incapacidad temporal de origen laboral y establece una prestación equivalente al 100 % del salario base de cotización dentro de su régimen específico.
¿La tutela garantiza que me paguen?
No. El juez analiza quién era responsable, las pruebas, la subsidiariedad y la afectación concreta de derechos fundamentales.
Si su incapacidad continúa sin pago y ya logró identificar responsable, períodos pendientes y afectación del mínimo vital, puede generar su acción de tutela por no pago de incapacidades.
La generación del documento no garantiza una decisión favorable. La procedencia depende de los hechos y las pruebas de cada caso.
¿Y si estoy trabajando normalmente y lo que no me pagan es el salario?
Es un problema diferente. Si usted continúa trabajando y lo adeudado es su salario, cambian las normas, las pruebas y la ruta de reclamación. Consulte nuestra guía “¿Qué hacer si su empleador no le paga el salario? Guía 2026”.
Fuentes oficiales consultadas
- Corte Constitucional: Sentencias T-072 de 2026 y T-009 de 2025.
- Decreto Ley 019 de 2012: artículos 121 y 142.
- Decreto 780 de 2016: artículos 2.2.3.3.1, 2.2.3.3.3, 2.2.3.4.3 y 2.2.3.6.1.
- Ley 776 de 2002: artículo 3.
- Superintendencia Nacional de Salud: orientación vigente sobre reconocimiento, pago y competencias frente a incapacidades.
Última actualización: 4 de septiembre de 2026.
Revisó: Fernando Guevara, abogado con tarjeta profesional
https://www.linkedin.com/in/fernandoguevaratutelas
Equipo editorial: TutelasYPeticiones.com
Aviso importante: La información de este artículo es general y no sustituye el análisis particular de su caso. La procedencia de una tutela y la entidad responsable del pago dependen de los hechos, las pruebas y las normas aplicables. TutelasYPeticiones.com le ayuda a organizar su información y generar un documento jurídico, pero no puede garantizar una decisión favorable ni el pago solicitado.
